50¶È»Ò

, republi¨¦ avec permission

Note de l'¨¦diteur : ce post a ¨¦t¨¦ r¨¦dig¨¦ par Erika Pastrana et Simon Adar. Erika est directrice ¨¦ditoriale du portefeuille Nature et responsable de la science ouverte chez 50¶È»Ò. Simon est PDG et co-fondateur de Code Ocean.

Les deux derni¨¨res ann¨¦es, au plus fort de la pand¨¦mie COVID-19, ont illustr¨¦ de mani¨¨re tangible comment la science ouverte peut rapidement b¨¦n¨¦ficier ¨¤ la soci¨¦t¨¦. Les pratiques de la science ouverte impliquent la mise en commun de tous les ¨¦l¨¦ments produits dans le cadre d¡¯un projet de recherche (code, donn¨¦es, protocoles, pr¨¦publications, etc.). Malgr¨¦ les preuves incontestables de l'impact positif de la science ouverte sur la soci¨¦t¨¦, notamment en ce qui concerne le partage des donn¨¦es de recherche, il subsiste des entraves et des h¨¦sitations dans le d¨¦veloppement et l'adoption de pratiques de recherche ouverte. Les ¨¦diteurs, en collaboration avec les plateformes technologiques, peuvent contribuer ¨¤ cet effort en prenant les mesures appropri¨¦es, accompagn¨¦es d'un soutien technologique.

L'ann¨¦e derni¨¨re, le sur le fonctionnement du syst¨¨me de communication acad¨¦mique pendant la pand¨¦mie, en mettant l'accent sur les pratiques en mati¨¨re de partage et de recherche ouverte. Le rapport a montr¨¦ que seulement 5 % de toutes les ¨¦tudes COVID-19 ¨¦valu¨¦es par des pairs ¨¦taient pr¨¦c¨¦d¨¦es d¡¯une pr¨¦publication.  Parall¨¨lement ¨¤ cela, le  ? a r¨¦v¨¦l¨¦ que seulement 40 % de chercheur.e.s qui ont particip¨¦ ¨¤ l'enqu¨ºte adoptaient des pratiques de recherche ouverte. Les ¨¦tudes men¨¦es cette ann¨¦e ont toutefois montr¨¦ une ¨¦volution l¨¦g¨¨rement plus positive, puisque sont d¨¦sormais favorables ¨¤ la mise ¨¤ disposition des donn¨¦es en libre acc¨¨s. Une enqu¨ºte r¨¦cente aupr¨¨s des auteur.e.s et des r¨¦dactrices et r¨¦dacteurs de 50¶È»Ò a montr¨¦ que, bien que 79 % des personnes interrog¨¦es estiment que le libre acc¨¨s aux r¨¦sultats de la recherche devrait ¨ºtre une pratique courante, et que pr¨¨s de 75 % indiquent que les documents, le code ou les donn¨¦es en libre acc¨¨s ¨¦taient importants pour leur domaine, moins de 60 % (si l'on exclut le Gold OA en tant qu'exemple de mod¨¨le de publication) de ces personnes adoptaient effectivement des pratiques de recherche ouverte.

Pourquoi - malgr¨¦ des exemples concrets de l'impact des pratiques de recherche ouverte et la volont¨¦ des chercheur.e.s et la communaut¨¦ scientifique de faire des pratiques de recherche ouverte la norme - y a-t-il une telle disparit¨¦ entre la prise de conscience, le comportement et l'action ? Comment pouvons-nous combler ce foss¨¦ afin que les comportements s'alignent sur nos attentes en mati¨¨re de science ouverte?

Les raisons de cet ¨¦cart ¨¦voqu¨¦es par les participants aux enqu¨ºtes sont diverses, mais concernent notamment des pr¨¦occupations concernant l'utilisation abusive des donn¨¦es, le manque de reconnaissance pour le partage des donn¨¦es et le besoin de soutien pour rendre les donn¨¦es et la recherche durablement ouvertes. Le r?le jou¨¦ par les institutions, notamment les organismes de financement de la recherche, ne semble pas d¨¦terminant pour inciter les auteur.e.s ¨¤ pratiquer la recherche ouverte (bien que cela puisse changer avec de nouvelles exigences en mati¨¨re de partage des donn¨¦es par de tr¨¨s grands organismes de financement tels que les agences f¨¦d¨¦rales aux ?tats-Unis). En comparaison, le soutien institutionnel a connu un succ¨¨s assez important. Le cas ¨¦ch¨¦ant, le fait d'exiger des revues qu'elles partagent du mat¨¦riel, du code ou des donn¨¦es, ou d'encourager les revues ¨¤ faciliter le d¨¦p?t de pr¨¦publications, a eu autant de succ¨¨s, voire plus, que l'encouragement institutionnel.

L¡¯une des conclusions qui s'impose est que les ¨¦diteurs et leurs partenaires devraient davantage soutenir et faciliter la mise en place de pratiques de recherche ouverte. Encourager ou rendre obligatoire le partage des ressources tout le long du processus de publication est un moyen efficace de veiller ¨¤ ce que les pratiques soient respect¨¦es. Les revues ont r¨¦ussi par le pass¨¦ ¨¤ imposer des obligations de partage de donn¨¦es autour de la publication de s¨¦quences de prot¨¦ines et d'acides nucl¨¦iques, par exemple. Nous savons donc que les bonnes politiques et initiatives peuvent entra?ner des ¨¦volutions positives.

Cependant, cela ne suffit pas - ce que les chercheur.e.s demandent, ce sont des solutions concr¨¨tes pour soutenir l'int¨¦gration des pratiques de science ouverte dans leur cycle de recherche - des solutions et une assistance propos¨¦es en cas de besoin. Les ¨¦diteurs devraient r¨¦fl¨¦chir de mani¨¨re plus cr¨¦ative ¨¤ la mani¨¨re d'aller au-del¨¤ de l'exigence ou de l'encouragement et commencer ¨¤ penser ¨¤ la facilitation.

L'adoption de toutes ces pratiques peut s¡¯av¨¦rer complexe : un scientifique sur cinq d¨¦clare ne pas juger n¨¦cessaire de partager ses pr¨¦publications, pr¨¦-enregistrements, donn¨¦es et codes. Ceux qui disent vouloir le faire (49%) ne savent pas comment, o¨´ et ¨¤ quel moment.

Avec des processus et des plates-formes d¨¦di¨¦s ¨¤ chacun de ces ¨¦l¨¦ments s¨¦par¨¦ment, des r¨¨gles sp¨¦cifiques pour parvenir ¨¤ un enregistrement et ¨¤ des m¨¦tadonn¨¦es appropri¨¦s pour chaque objet, et au final un produit qui ne relie pas imm¨¦diatement tous ces ¨¦l¨¦ments en une ? unit¨¦ de r¨¦seau de recherche ? facile ¨¤ trouver, accessible, interop¨¦rable et r¨¦utilisable, les efforts pour parvenir ¨¤ une science totalement ouverte peuvent sembler difficiles ¨¤ r¨¦aliser pour les scientifiques. A cela s'ajoute le fait qu¡¯ils doivent se pencher sur la question de savoir ce qu'ils peuvent partager et o¨´, ainsi que sur les droits de licence, ce qui alourdit davantage leur travail.

Les pratiques de science ouverte semblent ¨ºtre appliqu¨¦es par les chercheur.e.s de mani¨¨re plus coh¨¦rente l¨¤ o¨´ des offres int¨¦gr¨¦es sont disponibles pendant le processus de soumission d¡¯articles.

C¡¯est ce que nous avons constat¨¦ avec nos solutions  de partage de donn¨¦es et de codes propos¨¦es aux auteur.e.s qui soumettent leurs travaux ¨¤ des revues offrant des partenariats avec des plateformes telles que et .

Sur l'exemple du code, 50¶È»Ò a test¨¦ en 2018 en collaboration avec Code Ocean, l'utilisation de conteneurs pour faciliter le partage de code et de donn¨¦es lors de la soumission, lors de l'examen par les pairs et au moment de la publication (pour les articles dont le nouveau code ¨¦tait un ¨¦l¨¦ment central du travail). C'¨¦taient les d¨¦buts du partage des ¨¦l¨¦ments de recherche et, depuis, Code Ocean a ¨¦tendu sa collaboration avec des ¨¦diteurs tels qu'Elsevier, l'IEEE et plus de 100 autres ¨¦diteurs et soci¨¦t¨¦s, dont certains cherchent d¨¦sormais activement ¨¤ int¨¦grer l'examen des capsules de calcul dans leur flux de travail. ? cette ¨¦poque, nous avons estim¨¦ qu'il ¨¦tait important de proposer les solutions technologiques ad¨¦quates pour soutenir et aider ¨¤ ¨¦tablir les politiques de partage de code que nous voulons adopter en tant qu'¨¦diteurs.

En collaboration avec l'¨¦quipe de Code Ocean, nous avons d¨¦velopp¨¦ des flux de travail et des processus permettant aux auteur.e.s de d¨¦ployer la plateforme Code Ocean pour partager leur code lors de la soumission, et aux examinateurs d¡¯utiliser cette plateforme pour ¨¦valuer et v¨¦rifier le code. Le taux d'acceptation lors de la phase initiale de cette exp¨¦rience a ¨¦t¨¦ tr¨¨s prometteur, puisque 40 ¨¤ 60 % des auteur.e.s invit¨¦.e.s ¨¤ utiliser le service ont accept¨¦ de le faire. Ces r¨¦sultats nous ont encourag¨¦s ¨¤ , ce qui, ¨¤ son tour, nous a permis d'am¨¦liorer l'efficacit¨¦ et le suivi du processus, de mieux conna?tre l¡¯engagement des auteur.e.s et des ¨¦valuateurs et d'offrir une exp¨¦rience utilisateur plus transparente pour le partage du code et des donn¨¦es ainsi que pour l'examen par les pairs. Il est encore trop t?t pour tirer des conclusions d¨¦finitives mais 40 % environ de ceux qui soumettent un nouveau code font appel au service propos¨¦ via Code Ocean dans notre syst¨¨me de soumission.

Nous disposons d¨¦sormais de nombreuses ressources pour faire progresser les m¨¦thodes et les pratiques de de science ouverte. Mais nos efforts communs doivent ¨ºtre suivis de mesures concr¨¨tes afin que les chercheur.e.s puissent atteindre l'objectif que nous nous sommes tous fix¨¦. En tant que partenaires, ¨¦diteurs et prestataires, nous devons maintenant aller au-del¨¤ des actions men¨¦es jusqu'¨¤ pr¨¦sent et concentrer nos efforts sur une offre de soutien et de capacit¨¦s techniques int¨¦gr¨¦es, afin de pouvoir proposer une solution pr¨ºte ¨¤ l'emploi.